Desde que a mediados de marzo Navarra comenzara a secuenciar cepas de COVID-19, ha compartido en las dos primeras semanas, más de 1.000 secuencias de genomas del virus, lo que supone un porcentaje de 219 genomas por 100.000 habitantes, frente a la media nacional de 34 secuenciaciones por cada 100.000 habitantes.

Esta información, obtenida de las y los pacientes de la Comunidad Foral, es publicada en GISAID, la plataforma de referencia genómica a nivel mundial, una herramienta, de acceso abierto, muy útil para que el personal investigador pueda conocer la evolución del virus y luchar contra él.

El proyecto de secuenciación lo realizan, de forma conjunta, el Servicio de Microbiología del Complejo Hospitalario de Navarra y la empresa pública NASERTIC.

Hasta el momento España ha aportado a la base de datos casi 16.000 secuencias procedentes de diferentes instituciones repartidas por todo el territorio nacional, de las que 1.479 (el 19% del total) proceden de Navarra: 1.039 subidas en marzo y 440 enviadas hace meses a Valencia en el marco del proyecto de investigación nacional SeqCOVID. Este miércoles se compartirán otras 350 muestras más.

GISAID y el COVID-19

GISAID  fue creada en 2008 como una plataforma para recopilar los datos procedentes de la secuenciación genómica y los datos clínicos, epidemiológicos y geográficos relacionados con los virus humanos, aviares y de otros animales, para ayudar a los investigadores mediante el acceso abierto a los datos a comprender cómo evolucionan y se propagan los virus durante las epidemias y pandemias.

En el caso del COVID-19, los diferentes hospitales y laboratorios de todo el mundo que se dedican al diagnóstico y secuenciación del virus recogen estos datos y los envían de forma anonimizada a GISAID, donde son evaluados por un grupo de expertos y compartidos en su base de datos, haciendo posible la identificación de las nuevas mutaciones y el seguimiento de la evolución global de la pandemia.

De los datos de  GISAID se nutren igualmente otras iniciativas resultado de la colaboración global en la lucha frente al COVID-19. Son las plataformas Nextstrain o la aplicación Pangolin. La primera de ellas es una base de datos, cuyo objetivo es ayudar a la evaluación de la situación epidemiológica mediante un seguimiento a tiempo real y el análisis de las diferentes variantes del virus que surgen en todo el mundo.

Por su parte, Pangolin, de las siglas en inglés Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages, es una aplicación creada por investigadores británicos que permite la asignación y visualización rápida de los linajes de los virus, conocer sus características y su distribución temporal y geográfica.

La visión global que proporcionan estas bases de datos y herramientas de análisis y visualización hacen posible acceder a esta información y generar informes sobre la situación actual acorde a cada país, ayudando en la toma de decisiones como por ejemplo en materia de medidas de contención frente a las nuevas variantes del virus que van surgiendo.