Información sobre la PCR (2)
Voy a continuar y finalizar en este escrito el tema de las PCRs. Resumidamente, a la hora de desarrollarlo, había organizado el anterior texto en varios puntos:
- QUÉ ES LA PCR.
- QUÉ BUSCA UNA PCR.
- QUÉ ENCUENTRA UNA PCR.
- ¿LA PCR ES ESPECÍFICA DEL SARS-CoV-2?
Me había quedado en este punto, describiendo la especificidad de la prueba.
En la red hay una herramienta accesible gratuitamente, llamada “Blast”, por la que se puede acceder a la composición del genoma humano y de diversos gérmenes. Se puede trastear con la herramienta en la siguiente dirección: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Al meternos en esta aplicación podemos comprobar que los fragmentos genéticos de los diversos cebadores (los modelos con los que se pretende comparar las muestras nasofaríngeas de los pacientes), presuntamente “superespecíficos” del SARS-CoV-2, también forman parte de:
- Diversas bacterias (Pantoea, Curtobacterium, Rubinisphera italica, Flammeovirga aprica…) y más de otras 100 pertenecientes a nuestra propia microbiota. A estas alturas de la película, no viene mal recordar que en nuestro cuerpo residen de forma pacífica billones de bacterias y virus.
- Otros coronavirus, por ejemplo el NL63, productor de catarros invernales. Por lo que si una persona ha tenido un catarro provocado por este coronavirus hace unos meses, es fácil que restos de su estructura genética, que pueden quedar durante largas temporadas en nuestras mucosas, pueda dar positivo en una PCR como la que se ha utilizado hasta ahora.
- Diversos cromosomas humanos. Esos fragmentos que se han tomado como “superespecíficos” del SARS-CoV-2 forman parte de nuestra propia estructura genética. Están en cada una de nuestras células, en diversas localizaciones de nuestro código genético, en diversos cromosomas.
Consecuencia de ello es que, cuando nuestras células mueren para su recambio normal por otras nuevas (y eso sucede a millones en cada instante), van a quedar por ahí fragmentos sueltos de las finadas, restos de su existencia.
Sí que hay un sistema de limpieza interna que va a ir aclarando el terreno, pero será imposible que no queden restos de fragmentos en los que puedan identificarse esas series de nucleótidos tan “superespecíficos” del SARS-CoV-2 que puedan dar positivo en estas PCRs.
De este entramado de la tabla, entresaco un recorte del cromosoma 8 humano en el que se puede ver la total correspondencia de ese fragmento genético con uno de los cebadores de la PCR, en este caso del Instituto Pasteur de París.
- LA SENSIBILIDAD DE LA PCR
Uno de los temas en los que se rebate la utilidad de las PCR en el proceso diagnóstico de la presencia del SARS-CoV-2 es la sensibilidad de la prueba. Hablando coloquialmente, una prueba es muy sensible cuando se escapan pocos casos sin detectar. Quiere decir que la presencia de una cantidad mínima (minimísima) es suficiente como para detectarla.
¿Qué ha ocurrido con estas PCRs del Dr. Drosten que fueron tomadas como modelo por la OMS y el resto de países del mundo? Pues ni más ni menos que, para alcanzar una sensibilidad prácticamente del 100%, hicieron trampa.
El número de amplificaciones que recomendaron y que así se han hecho por todo el mundo eran 45. ¡¡¡¿45?!!! Cuando se ha comprobado que tras 30 amplificaciones, el 50% de los resultados positivos son falsos positivos, y que a partir de 35 amplificaciones, no hay posibilidad material de cultivar virus infectivo que cause daño celular.
Cuanto menor sea el número de ciclos empleados para positivizar la prueba (ese umbral de amplificación se llama “Ct”) utilizado para detectar el fragmento de virus, mayor será la carga viral considerada. Cuanto mayor sea el Ct utilizado para detectar el fragmento de virus, menor se considerará la carga viral.
El Centro de Referencia Nacional Francesa (CNR), en la fase aguda de la pandemia, estimó que el pico de la excreción del virus se produjo al inicio de presentar los síntomas, con una cantidad de virus que corresponde a aproximadamente 108 (100 millones) de copias de fragmentos de ARN del SARS-CoV-2.
- Este número de 108 (100 millones) copias/μl corresponde a un umbral de amplificación (Ct) muy bajo.
- Un Ct de 32 corresponde a 10-15 copias/μl.
- Un Ct de 35 corresponde a aproximadamente 1 copia/µl.
- Por encima de Ct 35, resulta imposible aislar una secuencia completa del virus y cultivarla.
- PROCEDIMIENTO OPERATIVO ESTÁNDAR (SOP)
Debía haber habido un procedimiento operativo estándar (SOP) de modo que todos los laboratorios pudieran establecer las mismas condiciones de prueba idénticas para poder comparar datos en diferentes zonas y países. No se hizo.
La PCR, como ya se ha comentado anteriormente, no puede discernir entre virus y fragmentos de virus, por lo que el valor Ct que indica positividad es de crucial importancia. Este valor Ct debería haber sido especificado en el Procedimiento Operativo Estándar (SOP) y puesto en línea para que todos los laboratorios que realizan esta prueba tuvieran exactamente los mismos parámetros.
En la siguiente imagen vais a ver un ejemplo de la variabilidad que han usado los diferentes laboratorios con las PCR en cuanto a los cebadores (las modelos de referencia elegidos con las que se van a comparar las muestras de los hisopos nasofaríngeos). En general, salvo alguna excepción, se dan como umbrales válidos máximos Ct de 40.
Voy a mostrar el comienzo de un prospecto de una Rt-qPCR de un laboratorio norteamericano (Creative Diagnostics) en el que claramente indica lo siguiente:
- Este producto es sólo para uso en investigación y no para uso diagnóstico.
- En cuanto a la especificidad, podéis leer que detecta interferencias de Virus Influenza A y B, Virus Sincitial Respiratorio, varios tipos de Adenovirus, Virus Parainfluenza y diversas bacterias (Mycoplasma Pneumoniae, Chlamydia Pneumoniae…).
- El manejo clínico de los pacientes debe considerarse en combinación con sus síntomas/signos, antecedentes, otras pruebas de laboratorio y respuestas al tratamiento. Los resultados de la detección no deben usarse directamente como evidencia para el diagnóstico clínico y son sólo para referencia de los médicos.
- Pueden producirse resultados negativos falsos si hay algún error en la operación. La contaminación cruzada durante el tratamiento de la muestra puede dar lugar a un resultado falso positivo.
- CONSECUENCIAS DE LA PCR
¿Qué consecuencias podemos concluir de las anteriores informaciones?
¿Cómo se le puede llamar a esta utilización de estas PCRs como elemento diagnóstico de casos nuevos sin que hubiera clínica alguna?
¿Cómo se puede basar ningún tipo de prueba diagnóstica con una PCR inespecífica y con una sensibilidad forzada a través de unos umbrales mayores de 35 ciclos (hasta de 45 ciclos según las recomendaciones de Corman-Drosten y la OMS) para diagnosticar un caso positivo?
Pues, un engaño a escala global.
En España y otros países se han empleado umbrales por encima de 35 ciclos de amplificación. De ahí la gran cantidad, ingente podría decirse, de “casos nuevos asintomáticos” con los que se han fabricado las nuevas “olas” desde el verano pasado.
Todas estas “olas” han sido totalmente falsas. Y lo grave es que se han tomado como justificación para las medidas de limitación de derechos individuales (estados de alarma con toques de queda, cierres perimetrales, enmascaramiento general en todo tipo de condiciones y ambientes, cuarentenas…).
No ha habido justificación médica para tomar estas decisiones gubernamentales. Esta forma de infligir sufrimiento, angustia, dramas económicos y psicológicos en la población ha sido totalmente irracional, si nos atenemos a los resultados de estas PCRs, y posiblemente delictivo, si nos atenemos a lo que supone un estado de derecho.
La mayoría de las pruebas de RT-PCR establecen el Ct en 37-40. Las pruebas con umbrales tan altos pueden no sólo detectar virus infectivos, sino también fragmentos de genes, remanentes de una vieja infección que no representan ningún peligro en particular.
Acabo de leer un nuevo estudio alemán (todavía sin revisar por pares) en el que se han estudiado 193.253 pruebas PCR en la región de Münster, el 80% de las realizadas en dicha región entre el 26 de marzo y el 6 de diciembre de 2020.
La conclusión de dicho estudio es clara: “las pruebas de RT-PCR como herramienta para la detección masiva no deben utilizarse por sí solas como base para la toma de decisiones sobre una pandemia, incluidas medidas como la cuarentena, el aislamiento y el encierro”.
Volviendo a la RT-PCR publicada originalmente, no se probó con el uso de un control positivo (ARN aislado del SARS-CoV-2), que es un “estándar de oro” científico esencial. Y eso por la sencilla razón de que no se ha publicado un aislamiento, purificación y secuenciación en condiciones óptimas en células humanas sanas.
Ya la propia OMS, en enero de 2021, sacó una nueva guía sobre el manejo de las PCR de cara a la identificación del SARS-CoV-2 en la que se decía:
- Se necesita una interpretación cuidadosa de los resultados positivos débiles.
- El umbral del ciclo (Ct) necesario para detectar el virus es inversamente proporcional a la carga viral del paciente. Cuando los resultados de la prueba no se correspondan con la presentación clínica, se debe tomar una nueva muestra y volver a analizarla utilizando la misma tecnología NAT o una diferente.
- La prevalencia de enfermedades altera el valor predictivo de los resultados de las pruebas; a medida que disminuye la prevalencia de la enfermedad, aumenta el riesgo de falsos positivos. Esto significa que la probabilidad de que una persona que tiene un resultado positivo (SARS-CoV-2 detectado) esté realmente infectada con el SARS-CoV-2 disminuye a medida que disminuye la prevalencia, independientemente de la especificidad declarada.
- La mayoría de los ensayos de PCR están indicados como ayuda para el diagnóstico, por lo tanto, los proveedores de atención médica deben considerar cualquier resultado en combinación con el momento del muestreo, el tipo de muestra, los detalles del ensayo, las observaciones clínicas, el historial del paciente, el estado confirmado de cualquier contacto e información epidemiológica.
Es evidente que la OMS no va a reconocer que se equivocó al aconsejar diagnósticos de PCR+ con umbrales de 45 amplificaciones. En lugar de ello, va a emplear circunloquios para ir variando sus orientaciones sin enmendar lo hecho anteriormente.
Aunque no se me da bien adivinar el futuro, la siguiente situación que nos viene es que el umbral de amplificación (Ct) de las PCRs se tomará en rangos muy inferiores para aseverar la eficacia de las vacunas. De hecho, en nuevos estudios haciendo seguimiento de los ya vacunados, se colocan umbrales (Ct) de <28 amplificaciones. ¿Por qué no siguen usando las 40-45 amplificaciones con las que han destrozado la sociedad mundial?
Ya conocemos el percal.
Salud para ti y los tuyos.