Información sobre la PCR (1)

Hace unos días, un amigo me ha pedido que escriba algo explicando el tema de las PCRs. Para mí, ha sido uno de los temas básicos que ha organizado y sustentado este lío en el que estamos envueltos.

Voy a intentar mostrar un cuadro general en un lenguaje que, aunque se trata de una cuestión muy técnica, pueda ser comprensible. Y como he construido un texto muy amplio, lo voy a dividir en dos partes.

En enero de 2020 saltaron las alarmas en China: habían identificado unos cuadros de neumonías graves y habían hallado un nuevo virus perteneciente a la familia de coronavirus.

Los científicos de todo el mundo se pusieron en marcha para identificarlo, estudiarlo y aprender a enfrentarse a este aparentemente “nuevo enemigo” del ser humano.

En Alemania, el Dr. Christian Drosten, desde su puesto en el Hospital La Charité de Berlín, junto al Dr. Víctor Corman y otros colaboradores, diseñó una prueba para identificar ese nuevo patógeno, una de las mayores necesidades de la ciencia en aquellos momentos. El artículo donde fue publicado (en la revista Eurosurveillance) está fechado el 23 de enero de 2020. El protocolo de esa prueba fue rápidamente recomendado a nivel mundial por la propia OMS.

La prueba, la PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa), ya se utilizaba desde hacía unos años en investigación para identificar patógenos en muestras. El inventor de la PCR fue el químico Dr. Kary Mullis en 1986, por lo que consiguió el premio Nobel de Química en 1993.

Hasta aquí, parece un relato en el que el sentido común prevalece. Vamos a enfocar con un poco más de aumento esa línea de hechos y a los diversos componentes que aparecen en la historia.

1. QUÉ ES LA PCR

Es una prueba de laboratorio que intenta detectar un conjunto de ácidos nucleicos, unos nucleótidos; en resumidas cuentas, trocitos de código genético de cualquier organismo: virus, hongos, bacterias o de cualquier otro ser vivo, incluidos los seres humanos.

Dado que la prueba, originariamente, estaba diseñada para identificar trocitos de ADN y esta variedad de virus era ARN, hubo que añadir un proceso previo para detectar ARN y que se pudiera crear a partir de éste el consabido ADN (con la ayuda del enzima retrotranscriptasa). Así se llegó hasta la Rt-PCR.

A través de un modelo de ARN que se le ha dado previamente a la maquinita (luego hablaremos de qué modelos se han utilizado), la prueba es capaz de detectar cantidades mínimas (mínimas no, lo siguiente) de esos trocitos semejantes al modelo en las muestras de los futuros pacientes.

Tras pasar por el proceso inicial de crear ADN del ARN de la muestra, la PCR amplifica una serie de veces ese material detectado, similar al modelo dado previamente. No voy a entrar en el procedimiento por el que se consigue la amplificación pues, aunque es muy interesante, va más allá de esta explicación resumida.

Nos quedaremos con que en el proceso de amplificación de ese material genético detectado en la muestra se utilizan una serie de modelos (cebadores o “primers” en inglés) y diversos procesos que requieren diferentes temperaturas.

Así, la cantidad del material genético detectado se duplica unas cuantas veces, en lo que se vienen a llamar “ciclos de amplificación”.

Al realizar 30 amplificaciones, tendremos 2³⁰ o sea más de mil millones de copias de lo que buscamos.

1. QUÉ BUSCA UNA PCR

La finalidad de la PCR consiste en buscar una parte del material genético de un germen, un trocito de su estructura genética, para poder afirmar que en esa muestra recogida en una persona hay fragmentos del “bicho” correspondiente.

Es una prueba de laboratorio que puede ayudar a realizar un diagnóstico diferencial ante un cuadro clínico, cuando no se conoce qué germen está detrás de una infección, por ejemplo de una neumonía.

1. QUÉ ENCUENTRA UNA PCR

Habiendo revisado de forma general qué se busca con una PCR (un trocito de código genético), lo que encontremos básicamente va a depender de lo que busquemos más concretamente. O sea, va a depender de los cebadores o “primers” que se van a tomar como referencia, los trocitos de código con los que se ha cargado la maquinita.

1. ¿LA PCR ES ESPECÍFICA DEL SARS-CoV-2?

Aquí hay que revisar lo que se ha colocado como muestra de ese virus: ¿qué trocitos de código genético se le han aportado a la prueba para que busque en las muestras de posibles afectados? ¿Son trocitos del ARN del SARS-CoV-2 que sólo pueden estar en este virus? ¿O esos trocitos de código genético pueden pertenecer a otros amos?

A continuación voy a mostrar lo que señalaron los diseñadores de la PCR para identificar el SARS-CoV-2.

Y estos nucleótidos, esos fragmentos de código genético, se pueden ubicar en un dibujo esquemático, extendido, del ARN del virus.

Se puede leer en los trabajos científicos que describen las PCRs que los errores de la PCR, alrededor del 20% como media, están más polarizados a los falsos negativos (o sea, que la prueba dé negativo cuando en realidad sí haya material genético del SARS-CoV-2 en la persona), y siempre por problemas técnicos: cómo se tome la muestra y el tiempo pasado entre el primer contacto con el coronavirus y la prueba PCR.

• Durante el primer día del contacto de la persona con el virus, la PCR falla en el 100% de las veces.
• Va descendiendo el error hasta el 67% al cuarto día del contacto con el virus.
• El quinto día tras el contacto, comienzan a aparecer casos positivos más o menos válidos, con un error del 38%.
• Va disminuyendo la capacidad de falsos negativos hasta el octavo día, con un error del 20%. Éste es el momento de menor error de las PCR.
• A partir de ahí, cada día que pasa va aumentando la tasa de errores de la PCR por falsos negativos.

Para los que no entendemos del asunto más que someramente, las informaciones sobre lo dicho hasta ahora podrían pasar, pero ha habido estudiosos del tema que han hecho unos estudios cruzados para verificar si lo que se mira corresponde al virus SARS-CoV-2 real y si la prueba en sí misma sirve para diagnosticar la presencia de dicho virus. Es lo que se llama una “revisión por pares”.

En fecha 26 de octubre de 2020, se le requirió a la revista Eurosurveillance una copia del informe de la revisión por pares del estudio original que dio pie a las actuales PCR… y no hubo contestación. Esto incita a pensar que no hubo dicha revisión…

Además, si el artículo fue enviado a la revista el 21 de enero de 2020, se aceptó su publicación el 22 de enero y se publicó en línea el 23 de enero, la revisión del artículo por pares ¿cuándo se ha hecho? Un solo día no es suficiente para que más de un equipo de científicos estudie, siga los pasos de lo expuesto, lo verifique y haga una crítica de un escrito científico como éste.

Es curioso también que la OMS publicara la primera versión del protocolo el 13 de enero y la segunda el 17 de enero, antes incluso de que fuera publicado el artículo… Aparentemente, todo esto son muestras de trapicheos producidos detrás de las bambalinas del escenario.

Un grupo de científicos envió una revisión por pares a la revista  con fecha 27 de noviembre 2020 junto a una solicitud de retractación del estudio de Corman-Drosten. Hasta la fecha, no he visto que haya sido publicada esta revisión por la revista, uno de cuyos editores es precisamente el Dr. Christian Drosten, junto a Chantal Reusken, otra de las coautoras del mismo artículo. ¿Otra casualidad?

En esta revisión crítica del artículo original de los Dres. Corman y Drosten, los científicos concluyen documentadamente que existen errores tan graves de diseño en esta PCR que es muy poco probable la especificidad de sus amplicones (los fragmentos de código genético del virus señalados como diana a buscar en las muestras).

El gen “E” utilizado en la prueba de RT-PCR, como se describe en el propio artículo de Corman-Drosten, no es específico del SARS-CoV-2. Los cebadores del gen E también detectan un amplio espectro de otros virus del SARS.

Existe tanto en SARS-CoV-1 como en SARS-CoV-2 un fragmento genético en el gen N que es específico de ellos y no de otros coronavirus y no se empleó en los protocolos de las PCR de Corman y Drosten. La región anterior en el gen N debería haber sido elegida como el objetivo de amplificación pero no lo fue porque consideraron que restaba sensibilidad a la PCR.

Tampoco se usó un control negativo: una proteína (HE) que no está en SARS-CoV-1 ni en SARS-CoV-2 y sí en los demás coronavirus.

Y también llama la atención de que los cebadores elegidos por los Dres. Corman y Drosten para la prueba obviaran casi la mitad de la estructura del ARN, tal y como se muestra en la siguiente figura. Esta selección, según los autores de la revisión resta especificidad a la prueba.